No programa de Extensão PRÓ-ENEM são oferecidas aulas com ênfase no Exame Nacional do Ensino Médio (ENEM), as quais são ministradas majoritariamente por discentes pertencentes aos campi da UFMT de Cuiabá e Várzea Grande. Ao todo são 11 áreas integradas ao programa: Atividades Especiais, Biologia, Equipe Pedagógica, Filosofia, Física, Geografia, História, Linguagens, Matemática, Química e Sociologia, cada área com coordenação específica. As atividades do projeto ocorrem nas salas de aula do Instituto de Geografia, História e Documentação (IGHD) da própria UFMT, aos sábados, das 08h às 18h, e atende, em média, 180 estudantes. O público alvo são estudantes das escolas públicas estaduais das cidades de Cuiabá e Várzea Grande que estejam no ano de conclusão do ensino médio ou que já tenham concluído. O objetivo do projeto Atividades Especiais é abordar temas transversais aos outros projetos, fazer debates socioambientais, instruir os alunos sobre os programas de ingresso ao ensino superior (SiSU, ProUni e FIES), e inteirá-los sobre a universidade, assim como colocá-los em contato com profissionais atuantes ou estudantes de áreas que sejam de interesse dos estudantes atendidos. No ano de 2022, discutiu-se, também, o programa do governo federal denominado ID Jovem, que é constituído de um benefício oferecido a todos os jovens de 15 a 29 anos com renda familiar de até dois salários mínimos. Também foram discutidos os programas universitários de pesquisa e extensão, mobilidade acadêmica, representação estudantil, estágios e auxílios estudantis. A partir das Atividades Especiais foi possível não só capacitar os estudantes para o ENEM, mas também colaborar no processo de escolha e ingresso no curso desejado, bem como expor as possibilidades de participação no ensino, pesquisa e extensão, presentes em uma universidade, principalmente na universidade pública. Dessa forma, o estudante entra inteirado da vida acadêmica e dos programas universitários, possibilitando um melhor aproveitamento das oportunidades existentes na universidade.