O cultivo do algodão agroecológico é resultado da demanda da indústria têxtil e como forma de aprimoramento da produção têm-se os Sistemas Agroflorestais - SAF´s. O objetivo desse trabalho é realizar a análise de indicadores biológicos no plantio agroecológico do algodão e os efeitos desse sistema na microbiota do solo. O experimento será instalado na Fazenda Experimental da UFMT, na Unidade de Referência Tecnológica (URT), em Santo Antônio do Leverger, MT. Dentre os objetivos específicos, têm-se a realização de análises de solo e avaliação microbiológica o controle biológico de espécies potencialmente pragas do algodoeiro mediante a administração de microrganismos e o incentivo de produtores locais para o desenvolvimento do arranjo produtivo sustentável do algodão. Na perspectiva metodológica do projeto, incluem-se: procedimentos para as análises microbiológicas utilizando técnicas da microbiologia clássica e molecular; controle biológico com o manejo de fungos, mediante de dias de campo com a presença de estudantes, técnicos, docentes, agricultores e gestores públicos. Conforme o manejo do algodão agroecológico, espera-se satisfatórios indicadores na avaliação microbiológica do solo, os quais demonstram a resposta positiva do manejo com a realização do controle biológico e da utilização do Sistema Agroflorestal. Ademais, evidenciaria a possibilidade sustentável da cultura de modo paralelo com a viabilidade econômica da produção, permitindo atender a demanda da indústria têxtil, aliado com a participação das comunidades tradicionais no estado de MT.